零售连锁企业的总部与各门店之间在经营管理、商流与物流的传递等各方面存在以下关系：
1. 运作关系：总部运作系统化，门店运作专一化。经营决策由总部制订，资金由总部管理，药品由总部全额配送，门店的负责人由总部聘任，新药店的开发由总部策划，药品的销售价格由总部统一规定，企业的员工培训由总部统一安排，药品的销售由总部安排，药品零售门店受总部完全控制。
2. 财务关系：门店的资金流与费用控制，由总部统筹依据各门店营业额差异制定运作执行，资金调度与运作效益由总部统筹调度。
3. 配送关系：总部负责收集、汇总、分析、处理各门店的物流信息，确定连锁门店的送货时间、品种数量。门店应及时将销售信息、缺货情况反馈至配送中心并及时上报传递，配送中心根据连锁门店的信息，合理控制存货总量，并制定相应的购货计划。
参考资料：